原稿ファイルは必ずしも1つのファイルにまとめていただく必要はなく、複数のファイルに分かれたまま入稿いただいて大丈夫です。
特に表紙原稿と本文原稿は、別々のファイルである方が誤解が少なくなりますので、そのようにご協力いただければ幸いです。
本文原稿もページ順がわかるようになっていれば、分割して問題ありません。