入稿ページ・原稿チェックページのアップロードファイル一覧はファイル名の順番になります。この順番はページ順でなくても問題ありませんので、そのまま入稿してください。

例えば「3.jpg」と「10.jpg」では「10.jpg」が先になってしまいます。そのままでも問題ありませんが、「03.jpg」というように桁を合わせると「03.jpg」が先に並べられるようになります。